Yves Beaunesne a mis en scène, notam­ment, au théâtre Tour­gue­niev, Wedekind, Gom­brow­icz, Mari­vaux, Maeter­linck, Jar­ry, Tchekhov, Hacks, Ford et Werther de Massenet à l’opéra. Il a en pro­jet un dip­tyque sur Paul Claudel : Le Partage de midi au print­emps 2007 et L’Échange la sai­son suiv­ante. Il a été nom­mé en juil­let 2002 directeur-fon­da­teur de la Man­u­fac­ture – Haute École de théâtre de Suisse romande et dirige la Com­pag­nie de la chose incer­taine.